Bibliothèques écrites en Nextflow

rnaseq

Pipeline d'analyse de séquençage d'ARN utilisant STAR, RSEM, HISAT2 ou Salmon avec comptage de gènes/isoformes et contrôle de qualité approfondi.
  • 646
  • MIT

patterns

Une collection organisée de modèles de mise en œuvre Nextflow (par nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Pipeline d'analyse pour détecter les variantes germinales ou somatiques (pré-traitement, appel de variantes et annotation) à partir du WGS/séquençage ciblé.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq peak-calling, QC et pipeline d'analyse différentielle.
  • 149
  • MIT

atacseq

Appel de pointe ATAC-seq et pipeline d'analyse QC.
  • 142
  • MIT

mag

Assemblage et binning de métagénomes.
  • 134
  • MIT

eager

Un pipeline d'analyse d'ADN ancien entièrement reproductible et à la pointe de la technologie.
  • 96
  • MIT

configs

Fichiers de configuration utilisés pour définir des paramètres spécifiques aux environnements de calcul de différentes institutions (par nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Une preuve de concept du pipeline RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) flux de travail des meilleures pratiques pour les maladies rares.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Typage HLA de précision à partir de données de séquençage de nouvelle génération.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Un pipeline RNA-Seq de preuve de concept avec Nextflow.
  • 28

GATK

Germline Variant Calling Nextflow Pipeline Basé sur les meilleures pratiques GATK4.
  • 11